Tolerancja centralna (zwana także tolerancją pierwotną) – zachodzi w centralnych narządach limfatycznych: w grasicy (dotyczy limfocytów T) i w szpiku kostnym oraz w wątrobie płodowej (dotyczy limfocytów B). Proces ten umożliwia usunięcie limfocytów mogących zaszkodzić komórkom organizmu oraz przystosowanie limfocytów do pełnienia przez nie funkcji poprzez wyrobienie zależności od auto-MHC, co skutkuje powstaniem tolerancji immunologicznej dla komórek organizmu[1].